Oi Evertton, na verdade o que você precisa fazer é criar o banco e fazer um deploy do arquivo war, que funciona basicamente parando o seu server copiando o arquivo para a pasta de deploy do seu servidor, ou fazendo hot-deploy, no linux dá pra fazer um script tranquilo pra fazer isso já no Windows eu não sei, qual o seu ambiente ? é isso mesmo que eu falei que você deseja fazer ?

Brother complementando o que o Pedro Henrique disse, um idéia seria criar um esquema de configuração externa, para que cada instituição tenha sua configuração sem vc precisar alterar o arquivo config da aplicação para cada uma!

O título ficou ambíguo, o que desejo fazer é um assistente de configuração de forma que na inicialização da aplicação ela verifique se o banco informado no arquivo de configuração é válido, caso a asserção seja falsa a aplicação deverá levar o usuário a um assistente de configuração. A partir daí o usuário será responsável por informar os dados para acesso ao banco de dados e inserir informações sobre si (Administrador).

Gabriel, sua ideia é realmente boa, inclusive acabei de fazer isto. Então, agora preciso fazer a aplicação que escreverá as configurações.

O que quero é basicamente algum plugin para auxiliar na produção das visões e controles, baseado no modelo usuário. Acredito que poderia fazer em aproximadamente 1 hora, mas estou com o horário apertado... ainda tenho que 'personalizar as visões' e montar a infraestrutura do serviço, para permitir que os usuários reais usem o ambiente e contribuam com a descoberta de falhas.